海軍軍醫(yī)大學第一附屬醫(yī)院創(chuàng)建于1949年7月14日，建院以來，醫(yī)院名稱隨著學校名稱變化而改變。1949年5月30日，上海市軍事管制委員 會任命向進同志為接管國民黨聯(lián)勤第二總院接管專員。并于7月14日正式成立了華東軍醫(yī)人民醫(yī)學院附屬醫(yī)院；1950年11月醫(yī)院改名為上海軍醫(yī)大學醫(yī)院； 1951年7月改稱為第二軍醫(yī)大學附屬醫(yī)院；1958年9月，因學校組建第二附屬醫(yī)院，故定名為第二軍醫(yī)大學第一附屬醫(yī)院；1962年7月對外稱謂上海長 海醫(yī)院。1953年4月以前，醫(yī)院建制隸屬于華東軍區(qū)后勤衛(wèi)生部。從1955年起執(zhí)行師級權限。1969年9月調防西安，1975年7月遷回上海。
1949年5月30日，上海市軍事管制委員會任命向進同志為接管國民黨聯(lián)勤第二總醫(yī)院接管專員，接管醫(yī)院工作，7月14日正式成立了華東軍區(qū)人民醫(yī)學院附屬醫(yī)院。建院后，建立了各級黨團組織，積極開展思想政治教育工作，加強新老人員團結，樹立全心全意為傷病員服務的思想意識，新建1626平方米的門診部啟用，改善了醫(yī)療環(huán)境，全院努力學習原蘇聯(lián)先進醫(yī)療技術。
1950年11月，醫(yī)院改名為上海軍醫(yī)大學醫(yī)院，1951年7月改稱第二軍醫(yī)大學附屬醫(yī)院，1953年4月以前，醫(yī)院建制隸屬于華東軍區(qū)后勤部衛(wèi)生部。
1949年5月上海解放后，華東軍區(qū)暨第三野戰(zhàn)軍后勤衛(wèi)生部接管了國民黨國防醫(yī)學院及其教學醫(yī)院——國民黨聯(lián)勤第二總醫(yī)院。6月26日華東軍區(qū)決定在原國防醫(yī)學院舊址籌辦華東軍區(qū)人民醫(yī)學院。7月14日將聯(lián)勤第二總醫(yī)院改編為華東軍區(qū)人民醫(yī)學院附屬醫(yī)院。
1949年6月華東軍區(qū)人民醫(yī)學院門口
1953年新建的老門診部
這一時期，在條件艱苦設施簡陋的情況下，共組建了44個專業(yè)組，建立了同位素室、心電圖室、霉菌室和眼科病理室等13個檢查室與實驗室，形成了燒傷、胸心、肝膽等專業(yè)特色。
1958年9月，因學校組建第二附屬醫(yī)院，故將醫(yī)院定名為第二軍醫(yī)大學第一附屬醫(yī)院。
1958年9月——定名為第二軍醫(yī)大學第一附屬醫(yī)院
1962年7月——對外稱上海長海醫(yī)院
勞動建院——整理院容
周恩來總理接見中華護理學會第一次學術會議代表（右三為我院護士陳文振1962）
“文革”使醫(yī)院醫(yī)教研工作受到嚴重沖擊，1969年9月，醫(yī)院奉命調防西安，1975年7月，遷回上海。醫(yī)院官兵發(fā)揚大無畏的革命樂觀主義精神，在兩次換防的情況下，完成了526萬人次門、急診和7.6萬人次的住院病人診療工作。此外，還派出各種醫(yī)療隊到部隊、農村、工廠，為廣大群眾醫(yī)傷治病。
1969年9月——調防西安
1975年7月——遷回上海原址
1976年，唐山大地震醫(yī)療隊
舉辦全軍腕踝針學習班（1976）
改革開放以來，醫(yī)院各項工作取得了突飛猛進的發(fā)展，醫(yī)教研等主要指標在上海市名列前茅。擁有15個國家重點學科、14個全軍醫(yī)學?？蒲芯克ㄖ行模?、9個上海市級重點學科和中心，涌現(xiàn)出一批在軍內外有重大影響的學科帶頭人和學術帶頭人，國際學術交往日趨活躍，不斷拓展醫(yī)療市場，立足上海，輻射長三角。
1996年，感染科樓建成使用
2004年，胸心疾病診治中心大樓正式啟用
2010年，醫(yī)院第十四次黨代會后，長海以發(fā)展建設軍事特色鮮明國際化創(chuàng)新型醫(yī)院為引領，敢創(chuàng)新路，勇當先鋒，推動醫(yī)院政治、醫(yī)療、人才、學科、后勤、護理取得了全面建設的跨越式發(fā)展。以夏照帆當選中國工程院院士為標志的人才隊伍建設再創(chuàng)佳績，領軍人才、骨干人才、青年人才全面開花。
2015年12月——轉隸中央軍委訓練管理部
2011年，新門急診大樓投入使用
2013年，江灣城健康體檢中心投入使用
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